Głównym czynnikiem środowiskowym wpływającym na różnorodność bakteryjnej flory jelitowej i jej funkcjonalność jest dieta. Zmieniony skład mikroflory jelitowej powszechnie występuje u chorych na celiakię i – w świetle ostatnich badań – uważany jest za jeden z ważniejszych czynników biorących udział w patogenezie choroby.